生物有機肥的特殊功能是通過特定微生物菌種的“特殊功能”來實現的，主要體現在促進植物生長、修復土壤、降解農藥等方面。

1、 促進植物生長的功能主要是通過功能細菌在植物根部的定殖、生活和功能來實現的。這種效果通過功能性細菌產生促進植物生長的物質來體現。

2、 提高植物病害防治和抗病能力，改良土壤和施肥。在土壤中施用有機肥，有機質能夠改善土壤理化狀況和微生物特性，成熟土壤能提高土壤肥力和抗旱性，為作物生長提供充足的養分，疏松土壤為作物生長創造良好條件。

3、 為提高肥料利用率，有機肥含有養分，但相對含量小，釋放緩慢，而化肥單位養分含量高，成分少，釋放快。有機物質分解產生的有機酸也促進土壤和化肥中礦物質養分的溶解。有機肥與化肥相互促進，有利于作物吸收，提高肥料利用率。

4、 具有保水抗旱、土壤修復、農藥降解等功能。

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