生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來源并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。

由于其中添加了枯草芽孢桿菌、解淀粉菌芽孢桿菌等有益菌種，可分解利用土壤中的植物殘體，故通俗的又稱為“菌肥”。生物有機肥營養元素齊全，能夠改善土壤理化性狀，增強土壤保水、保肥、供肥的能力。

其中的有益微生物進入土壤后與土壤中微生物形成共生增殖關系，既抑制有害菌生長，又在生長繁殖過程中產生大量的代謝產物，促使有機物分解轉化，直接或間接為作物提供多種營養和刺激性物質，促進和調控作物生長。

連年施用可大大緩解連作障礙，減少環境污染，屬環保型肥料。生產中，有機質含量在50%以上的生物菌肥一般推薦每畝施120～150千克作為基肥或追肥使用，可減少勞動力投入。