1.選擇合格的微生物肥料。質量低劣、有效活菌數達不到規定指標、雜菌含量高或有效期已過的產品不能使用。

2.盡量減少施肥過程中肥料中微生物的死亡。拌種時應避免陽光直射，菌肥應在陰涼處施用。拌種后應及時播種，并立即覆土。一般來說，細菌肥料不能與有害農藥和化肥混合使用。

3.營造適宜的土壤環境。在酸性土壤上施用時，應在施用前中和土壤酸度。如果土壤過于干燥，應及時澆筑。大雨過后，應及時清除田間積水，以提高土壤的滲透性。

4.因地制宜推廣使用不同的微生物肥料。例如，根瘤菌肥料應廣泛應用于豆類作物，磷和鉀溶解微生物肥料應應用于高營養潛力的土壤。

5.避免打開包裝袋后長期使用。如果打開袋子后長時間不使用，其他細菌可能侵入袋子，改變肥料中的微生物區系，影響肥料的使用效果。

6.避免在高溫和干旱條件下使用。在高溫干旱條件下，微生物肥料中微生物的生存和繁殖會受到影響，不能發揮良好的作用。因此，應在陰天或晴天晚上施用，并結合覆土、覆糞、澆水等措施，防止微生物肥料直接暴露在陽光下或因水分不足而難以發揮作用。

7.避免與未成熟的肥料混合。如果與未分解的肥料混合，會因高溫殺死微生物，影響微生物肥料的使用。

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