生物有機肥從多方面為作物生長提供營養。生物有機肥含有豐富的有機質和各種養分，它不僅可以為植物提供直接養分，而且可以活化土壤中的潛在養分，增強微生物活性，促進營養物質轉化。豐富的有機質還能改善土壤物理性質，增加土壤團粒結構，增強土壤保肥和供肥能力，提高化肥利用率，間接為作物提供養分。

生物有機肥中的有益微生物本身沒有肥效，但在繁殖過程中向土壤分泌多種代謝產物，拮抗有害微生物，有效菌中的解磷、解鉀微生物還能把土壤中緩效和礦物性磷鉀及多種中微量元素釋放出來，促進土壤中養分的轉化，提高土壤養分的有效性，改善作物的營養條件，增加土壤肥力。

生物有機肥根據作物的不同選擇不同的施肥方法，常用的施肥方法有：

種施法：機播時，將顆粒生物有機肥與少量化肥混勻，隨播種機施入土壤。

撒施法：結合深耕或在播種時將生物有機肥均勻地施在根系集中分布的區域和經常保持濕潤狀態的土層中，做到土肥相融。

條狀溝施法：條播作物或葡萄等果樹，開溝后施肥播種或在距離果樹5cm處開溝施肥。

環狀溝施法：蘋果、桃、梨等幼年果樹，距樹干20－30cm，繞樹干開一環狀溝，施肥后覆土。

放射狀溝施：蘋果、桃、梨等成年果樹，距樹干30cm處，按果樹根系伸展情況向四周開4－5個50cm長的溝，施肥后覆土。

穴施法：點播或移栽作物，如玉米、棉花、西紅柿等，將肥料施入播種穴，然后播種或移栽。

蘸根法：對移栽作物，如水稻、西紅柿等，按生物有機肥加5份水配成肥料懸濁液，浸蘸苗根，然后定植。

蓋種肥法：開溝播種后，將生物有機肥均勻地覆蓋在種子上面。

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