生物有機肥具有增進土壤肥力、活化土壤中難溶的化合物供作物吸收的作用，可產生活性物質和抗、抑作物病害的物質，對農作物的生產有良好的刺激與調控作用，可減少或降低作物病蟲害的發生，以及改善農產品品質等方面的作用。

生物有機肥總體屬于有機肥一類，使用方法與數量基本與有機肥相同。

但在使用上與有機肥相比還需注意以下幾點：
（1） 生物有機肥不能與農藥混用，防止農藥殺死肥料中活的微生物。
（2） 生物有機肥保存期不能超6個月，否則活的微生物會死亡一部分，降低了肥料的功效。
（3） 避免貯藏在高溫的環境當中；避免陽光直曬，以免紫外線殺死肥料中的微生物。